计算中心所有收费收入由学校财务部通过内部结转方式纳入学校统一管理和分配。部门经费有盈余的情况下，计算中心可招聘博士后、研究序列教授等研究岗位人员，协助有重要贡献课题组的开展高质量研究工作，相关研究人员由计算中心统一管理。
共享型托管用于开放共享所得收入的20%作为学校管理费上缴学校；50%留存计算中心用于机时奖励发放、共享设备采购、共享软件开发、财务事务管理以及运维人力支出等隐形成本支出；剩余的30%以奖励机时的形式返还给托管用户。